El tiempo que me tarda en ejecutar es el mismo, pero es una gran mejora.

Si se tiene que la multiplicacion 995 x 517 es un capicua, entonces habria que guardar el 517 en una variable para hacer que el bucle más grande, no baje de ese número, porque ya sabriamos que los resultados van a ser números más pequeños.

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main()
{
	int i, j, h, x, r = 0;
 	h=99;
	for ( i = 999; i > h; i-- )
	{
		for ( j = i; j > 99; j-- )
		{
			x = i * j;
                        if (x < r) break;
 
			if ( is_palindrome(x) ) {
				if(x > r){
					r = x;
					h=j;
				}
			}
		}
	}
 
	printf("%d", r);
	return 0;
}

Ahora el programa solo hace poco mas de 6000 iteraciones internas, cuando antes hacia mas de 400,000 y originalmente mas de 900,000. Ahora no se me ocurre que otra cosa mejorarle, tarda apenas 0.002s :-)

Podemos evitar hacer multiplicaciones innecesarias, cortando el bucle interno una vez que la multiplicacion de los 2 numeros es menor al menuro guardado en r, es decir, por ejemplo si r=987789 y la multiplicaciones de X y Y es un número menor a ese, no tiene sentido seguir bajando Y porque siempre van a ser menores a ese.

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			x = i * j;
			if (x < r) break;