Eclipse tiene algún problema para correr aplicaciones gráficas que corren con librerías de Swing en Java 5 (1.5), a pesar de que el código este bien y corra perfectamente normal si lo compilas y lo corres desde consola, al correrlo sobre Eclipse solo conseguirás que cualquier menú gráfico como un simple Input Dialog se bloquee.

Este problema se soluciono con Java 6 (1.6), así que es recomendable actualizar, en Ubuntu puedes conseguir el paquete de Sun en el repositorio.

sudo aptitude install sun-java6-jdk

Enseguida puedes seleccionar que versión de Java esta utilizando tu sistema.

sudo update-alternatives –config java

Y finalmente configurar tus projectos existentes en Eclipse para que funcionen con la nueva versión.

Window -> Preferences -> Java -> Installed JREs