Los archivos CHM, son un formato para la ayuda de Microsoft, y son mas que HTML empaquetados en realidad, para verlos en Gnome existe el excelente GnoCHM, que funciona muy bien, pero necesite tenerlos en otro formato.

Para desempaquetarlos en Ubuntu solo tienes que instalar los binarios de libchm y utilizar un unico comando:

$ sudo aptitude install libchm-bin
$ extract_chmLib mi_archivo.chm carpeta_destino/